RNA提取試劑盒提取植物RNA失敗的原因分析

很多植物RNA的樣品由于含有大量的多糖、多酚、代謝產(chǎn)物、色素等成分，造成RNA提取過程中氧化、褐化、降解、由于植物品種的多樣性造成情況更加復(fù)雜。手工的CTAB類的方法提取由于時(shí)間太長(zhǎng)，太繁瑣，手工方法不在討論之列。
下面我們來分析一下植物RNA為什么不能提取成功的原因：
市面上zui常見的RNA提取試劑盒無非是兩種：*種：TRIzol改良類方法（包括溶液型的和離心柱型的）、第二種：直接裂解過柱子的方法（離心柱）
*種RNA提取試劑盒失敗的原因1：RNA市面上面zui流行的方法就是Trizol，或者Triol改良，或者Trizol加離心柱一類的改良方法。trizol也就是異硫氰酸胍/苯酚/氯仿原理一步法的方法的對(duì)象是動(dòng)物源性的組織細(xì)胞，針對(duì)普通多糖多酚低的植物性的材料，TRIzol類原理產(chǎn)品也可以提取。但是多糖、多酚、次級(jí)代謝產(chǎn)物豐富的情況下，trizol類方法無法防止多糖多酚對(duì)于RNA/DNA分相的干擾，要么殘留大量DNA，要么殘留大量苯酚，氯仿，氧化破壞RNA，或者殘留這些多糖多酚，色素代謝產(chǎn)物等抑制下游的反轉(zhuǎn)錄等反應(yīng)。限于技術(shù)水平的限制，市面上盡大多數(shù)的國產(chǎn)廠家是使用trizol的方法進(jìn)行改良，無論是不是加了離心柱。但是實(shí)踐證實(shí)，改良不能從根本上解決題目。判定是否試劑盒使用這種改良的方法非常簡(jiǎn)單：是否裂解液含有苯酚的味道和使用氯仿，假如使用到了氯仿就是TRIzol方法的改良。
第二種RNA提取試劑盒失敗的原因：直接裂解過柱子的方法是目前的方法，但是也是技術(shù)含量zui高的方法。這個(gè)方法采用裂解液（不含苯酚，氯仿）直接裂解，RNA/DNA同時(shí)過柱子，然后在柱子上面直接分離RNA/DNA，所以，這種方法的優(yōu)點(diǎn)*在于，避免了使用trizol在多糖多酚下不能成功分離RNA/DNA的弊端、第二在于，不使用有毒的苯酚氯仿。*，裂解液的成分必須針對(duì)往除多糖多酚進(jìn)行研發(fā)添加往多糖多酚，代謝產(chǎn)物成分。否則會(huì)同樣碰到多糖多酚干擾提取的題目。第二、和trizol原理不同，直接過柱法DNA/RNA同時(shí)加到吸附柱上往。如何往除DNA是*個(gè)難點(diǎn)。否則會(huì)殘留大量DNA。兩個(gè)技術(shù)難點(diǎn)的沒有把握導(dǎo)致了國內(nèi)公司包括的第二種試劑盒失敗。國外公司由于沒有把握*難點(diǎn)，裂解液里面沒有往除多糖多酚成分，所以包括qiagen的盒子也經(jīng)常不能成功提取植物RNA樣品。